种子萌发的过程是:种子吸收水分，养分输送到胚中；胚根伸长，突破种皮，发育成根；下胚轴伸长，子叶出土；胚发育成茎和叶；子叶枯萎，幼苗独立生活。种子的萌发需要适宜的温度、适量的水分和充足的空气体。
从种子吸胀开始的一系列有序的生理过程和形态发生过程大致可分为五个阶段:
吸入
是一个物理过程。当种子浸入水中或落入潮湿的土壤中时，种子中的亲水物质吸引水分子，使种子体积迅速增大(有时增大一倍以上)。刚开始吸收的时候，吸水比较快，之后逐渐变慢。当种子膨胀时，它们会有很大的力量，甚至会打碎玻璃瓶。吸胀的结果是种皮变软或破裂，种皮对气体的通透性增加，萌发开始。
酶的水合和活化
在这个阶段，吸胀作用基本结束，种子细胞的细胞壁和原生质水化，原生质由凝胶态变为溶胶态。各种酶开始激活，呼吸代谢急剧增加。如大麦种子吸胀后，胚首先释放赤霉素并转移到糊粉层，在糊粉层诱导水解酶(α-淀粉酶、蛋白酶等)的合成。).水解酶将胚乳中储存的淀粉和蛋白质水解成可溶性物质(麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等。)，然后运输到下胚轴进行胚胎生长，从而开始一系列复杂的幼苗形态发生过程。
细胞分裂和扩大
当细胞分裂变大后，吸水量迅速增加，胚胎开始生长，种子中储存的营养物质开始被大量消耗。
突破胚种皮
当胚突破种皮时，胚生长后体积增大，突破种皮而露出。大多数种子首先产生胚根，然后产生胚芽。
长成幼苗
幼苗长大后，长出根、茎、叶，形成幼苗。有些种子的下胚轴不伸展，子叶留在土壤里。只有上胚轴和胚芽从土壤中生长出来产生幼苗。这种幼苗称为子叶保留苗，如豌豆和蚕豆。一些植物，如棉花、油菜、瓜类、芸豆等。种子发芽时伸长下胚轴，将子叶推出地面，形成子叶出土苗。
